היום נפתחה עונת לקט הכותנה בישראל ובענף צופים ליבול שיעמוד על כ-40 אלף דונם. בארץ מגדלים שלושה זני כותנה עיקריים - אקלה, פימה וקלפי שהוא מכלוא בין שני הזנים הראשונים.
גידול הכותנה מיועד רובו ככולו ליצוא, כיוון שבישראל לא קיימת כמעט תעשיית טקסטיל. בשנות ה-80 גידלו בישראל כותנה בהיקף של 650,000-600,000 דונם על ידי כמה מאות מגדלים. בשנות ה-90 כ-300,000 דונם, ובשנות ה-2000 ירד היקף הגידול
ל-150,000-100,000 דונם ובמהלכן חלה ירידה בכל שנה.
מבדיקה שנערכה בקנט, הקרן לביטוח נזקי טבע בחקלאות, עולה כי בחמש השנים האחרונות חלה ירידה דרסטית של כ-62% בשטחי הגידול של הכותנה בארץ - מהיקף של כ-104,000 דונם בשנת 2005 להיקף של כ-39,000 דונם ב-2009.
את הירידה החדה ביותר בהיקף גידולי הכותנה רשם איזור הכרמל. באזור זה נרשמה ירידה של 94% מהיקף של כ-6,600 דונם בשנת 2005 להיקף של כ-400 דונם בלבד בשנה האחרונה. גם בעמק בית שאן ובעמק יזרעאל נרשמה ירידה חדה של כ- 80% מהיקף גידולים על שטח של כ-28,500 דונם בשנת 2005 להיקף של כ-5,700 דונם בלבד. בגליל חלה ירידה של 70% מהיקף גידולים של כ-26,000 דונם בשנת 2005 להיקף של כ-8,000 דונם. בנגב חלה ירידה של 42% מהיקף של כ-16,500 דונם בשנת 2005 להיקף של כ-9,700 דונם.
גם במספר המשקים החקלאיים המגדלים כותנה חלה ירידה של כ-50% ומספרם כיום עומד על 51 משקים, לעומת 110 לפני 5 שנים.
לדברי דודי גינזבורג, מנכ"ל קנט, הסיבה אינה נובעת דווקא מהמחסור במים היות והחקלאים השכילו לעבור בזמן להשקיית הכותנה במים מושבים ולא במים שפירים - אלא בשחיקה גדולה ברווחיות שנובעת בעיקרה מתיסוף בשער השקל ובתחרות של גידולים חקלאיים אחרים כמו חימצה וגרעיני אבטיח רווחיים יותר. "מעבר לתחרות מול המדינות השונות" אומר גינזבורג, "הכותנה ככלל סובלת גם מתחרות עזה מול הבדים הסינטטיים ולירידה בביקושים העולמיים".
מבחינת נזקי הטבע בענף הכותנה, אומרים בקנט כי מרבית הנזקים שנגרמו בשנים האחרונות הם נזקי איכות הנובעים מגשמים שירדו בתקופת הקטיף והביאו לירידה באיכות הסיבים ועקב כך לפגיעה בתמורה לחקלאי לכל ק"ג סיבים שנקטף. בסה"כ שילמה החברה לחקלאים כ-8 מליון ₪ עבור נזקי הטבע שנגרמו לענף ב-5 השנים האחרונות.