בשנת 2011 ביקרו באגמון החולה כ- 400,000 איש והפכו את האתר לאחד מהאתרים המבוקרים ביותר בישראל, אולם נראה שלמספרים הגדולים יש מחיר: המבקרים הרבים באתר גורמים להפרעה לפעילות הציפורים במקום, בעיקר בכל הקשור להתרחקות הציפורים, ולפעילויות שינה והזנה, כך עולה ממחקר תלת-שנתי שערכה ד"ר נגה קולינס-קריינר מהחוג לגאוגרפיה ולימודי סביבה באוניברסיטת חיפה, במימון הקק"ל ושירות הייעור האמריקאי.
המחקר, אותו ערכה ד"ר קולינס-קריינר יחד עם ד"ר דן מלקינסון מהחוג לגאוגרפיה ולימודי סביבה, זאב לבינגר ודן אלון מהמרכז לצפרות של החברה להגנת הטבע, אבירם צוק מקק"ל ואילן בן-יוסף בחן בשנים 2008-2010 את דפוסי התיירים באגמון מצד אחד ואת התנהגות הציפורים מהצד השני, זאת בעקבות הגידול במספרי המבקרים באגמון עצמו ובתיירות צפרות ברחבי העולם כחלק מגידול בתופעת התיירות האקולוגית.
המסקנה העיקרית שעולה היא שהמבקרים הרבים גורמים להפרעה הן מבחינת התרחקות הציפורים והן מבחינת הפעילות המשמשת להתחדשות אצל העופות, כמו שינה והזנה. עוד עולה מהמחקר כי פגיעה כזו מתרחשת במועדים שונים, וכאשר ההפרעה של המבקרים - שנובעת בעיקר ממספרם הגדול - מתרחשת בזמנים חשובים מבחינת מחזורי ההתחדשות (שיאי התנהגות מחזורית), הפגיעה בתהליכי ההתחדשות אף גוברת. עוד נמצא כי הציפורים ערות כמובן להפרעה זו - ולאחר שעות מרובות מבקרים נמדדו מספר נמוך יותר של עופות.
"ההפרעה בעתיד יכולה לגבור עקב גידול בכמות התיירים באגמון" מציינת ד"ר קולינס-קריינר. לדבריה, במקום ייחודי כמו אגמון החולה, כושר הנשיאה של האתר צריך להתייחס גם לכמות המבקרים, אולם חייב אף להתייחס גם למרחק שניתן להתקרב אל העופות, זמני הביקורים, ההתנהגות באתר, אופי הצפייה בציפורים, הנגישות והתחבורה באתר.
עמדת החוקרים היא שאכן חלק מהשטח צריך להיות "מוקרב" לחוויית הקשר החזותי, בלתי אמצעי, עם המים, המרחב הפתוח והציפורים, בין היתר, לאור העובדה שהאתר הינו מיזם/עסק תיירותי-כלכלי אולם יש לנקוט באמצעים שונים על מנת לקטין את הפגיעה בציפורים, כגון: הסברה, חינוך, הדרכה ומתן אינפורמציה, צמצום הנגישות בחלק מהאזורים וויסות ובקרה של המבקרים. "יש צורך בניהול מבקרים יעיל והמשך הניטור של הפיתוח התיירותי, זאת כדי לרכך ואף למנוע את ההפרעה", אומרת ד"ר קולינס-קריינר.
המינים העיקריים שנצפו באגמון החולה הם האגמית, ברכיה, שרשיר מצוי, ברווז צהוב מצח, עגור אפור וסיקסק. מהתצפיות התברר כי ככל שהיו יותר מבקרים, כך גדל "מרחק הביטחון" של העופות - המרחק שלהן מחופי האגמון. "מרחק ביטחון" זה נע בין האזורים השונים באגמון והוא נע בין 70 מ' ל-200 מ', כשהוא תלוי, כאמור, במספר המבקרים באותה נקודת תצפית.
אולם אצל בני האדם המצב הפוך - ככל שכמות הציפורים עולה, כך עולה שביעות הרצון של המבקרים והרצון שלהם לבקר באתר גובר, זאת למרות שנמצא ש- 74% מהמבקרים אינם יודעים לזהות את סוגי הציפורים באתר. העגורים, ככל הנראה, הם אחד המינים שהמבקרים כן יודעים לזהות, מכיוון ש-70% מהם הגיעו לאגמון כדי לראות עגורים. מה עוד מאפיין את התיירים באגמון? יותר ממחצית הם אקדמאיים (55%), עירוניים (70%) וחילוניים (91%). כ-60% מגיעים בין השעות 09:00-13:00, שעות שאינן מועדפות דווקא לצפייה בציפורים וצורת הסיור המועדפת היא הקלנועית.