בחודשים פברואר-אוגוסט 2010 בדק משרד מבקר המדינה את פעילות משרד החקלאות בכמה עניינים בענף הדיג: ניהול הדיג בכינרת ובים התיכון, יישום החלטת הממשלה להשבית את הדיג בכינרת, פעילות הפיקוח של השירותים הווטרינריים על גידול דגי מאכל ועוד.
בירורים התקיימו גם ברשות הטבע והגנים הלאומיים, במדור לשיטור ימי במשטרת ישראל, ברשות המים ובמשרד הבריאות.
להלן עיקרי הממצאים שעולים מדו''ח מבקר המדינה לגבי הדיג בכנרת
1. מנתוני אגף הדיג עולה כי בעשור הראשון של שנות האלפיים, ובייחוד בשנים 2007 ו-2008, ירדה כמות הדגים בעלי הערך המסחרי בכינרת, בעיקר זו של אמנון הגליל, בעשרות אחוזים מדי שנה: בשנת 2008 נידוגו בכינרת 224 טונות בלבד לעומת 2,163 טונות בשנת 1998, דהיינו ירידה של כ-90%.
2. לאגף הדיג כמה מטלות בכינרת: מניעת דֵיג יתר ודַיִג בלתי-חוקי; ריבוי הדגה באמצעות אכלוס הכינרת בידי אדם בדגיגים של אמנון הגליל, קיפון (בורי) וכסיף; פיקוח על הדיג באזורי הטלה ומחקר. בכל אלה התגלו ליקויים בתפקוד אגף הדיג: מנהל אגף הדיג אישר דיג ברשתות שמידות עיניהן (החורים ברשת) קטנות מאלה שנקבעו בתקנות הדיג וכתוצאה מכך נידוגו דגים קטנים מהמותר;
אכלוס הדגיגים בכינרת לא היה מיטבי, דבר שיכול להשפיע על כמות הדגה באגם. אכלוס הקיפונים ב-2008 נפגע כיוון שבניגוד לנוהגו בשנים קודמות, לא דאג מנהל האגף לאישור עבודה בשבת לעובד האחראי לכך או לחלופה מתאימה. בגלל זה מתו כ-100,000 דגיגי קיפון צפלוס מיד לאחר הכנסתם לכינרת, משום שהושארו ארבעה ימים בצפיפות במיכלים סגורים;
הפיקוח על הדיג, שמטרתו למנוע דיג בלתי-חוקי, היה חלקי, וגם הסקרים שנועדו לאסוף מידע לצורך קבלת החלטות לא בוצעו כפי שתוכנן. אגף הדיג לא ניהל אפוא את הדיג בכינרת באופן תקין, והוא אחד האחראים להידרדרות מצב הדגה בה.
3. רִשְׁתות הדיג: ההקפדה על מידת עיני הרשתות חשובה ביותר משום שגודל העין קובע את גודל הדגים שיעלו ברשת, ורשתות בעלות עיניים קטנות משמעותן דֵיג דגים קטנים מהמותר. בתחילת שנות האלפיים גילה אגף הדיג שהדייגים בכינרת משתמשים לדֵיג בורי ברשתות בעלות עין קטנה מהמותר בתקנות. בנובמבר 2001 החליט מנהל אגף הדיג לאפשר להם, ללא סמכות, לעשות זאת שישה חודשים, שהיו אמורים להסתיים באפריל 2002, ואולם גם לאחר מועד זה לא חזרו הדייגים להשתמש ברשתות תקניות, ואגף הדיג לא אכף דיג ברשתות תקניות. יתר על כן, משרד החקלאות החליט בשנת 2004 להקצות מענקים לרכישת רשתות בלתי-תקניות לדֵיג בורים. מן הנתונים של אגף הדיג עולה שגם האמנונים נידוגו ברובם כשהיו קטנים מהמותר על פי תקנות הדיג. רשת בורים לוכדת גם דגי אמנון כאשר הם במים עמוקים יותר - ובעיקר בחורף. הדיג ברשתות האסורות נמשך עד תום הביקורת . התוצאה היא פגיעה כפולה, בפוטנציאל הגדילה של דגי האמנון ושל דגי הבורי כאחד: דגי הבורי הקטנים מדי - ערכם המסחרי ירוד, והאמנונים הקטנים מדי אינם מגיעים לבגרות מינית ולפיכך אינם מתרבים ונידלדלה אוכלוסייתם במידה ניכרת. הדייגים גורמים כך אפוא דלדול של ממש בדגה.
מנהל אגף הדיג, חיים אנג'וני, לא התייעץ עם היועץ המשפטי במשרד החקלאות בעניין מידות עיני הרשתות. לדעת משרד מבקר המדינה, הוא לא היה מוסמך להחליט להתיר דיג ברשתות בלתי-תקניות משום שהתקנות לא שונו. לכן הוא נושא באחריות למצב שנוצר.
4. על מנת לאפשר התרבות של אמנון הגליל נקבע בתקנות הדיג כי אסור לדוג בכינרת בתקופת הקינון וההטלה של אמנון הגליל בכל ציוד דיג שהוא בשטחים שגבולותיהם מפורטים בתקנות: שטח הבטיחה ושטח חוף מגדל-גינוסר. איסור הדיג חל לא יותר מ-60 ימים רצופים. על פי התקנות, מנהל אגף הדיג מכריז מדי שנה על איסור הדיג, אולם בעונות הדיג של 2009 ו-2010 היה הפיקוח באזור הבטיחה חלקי בלבד. אכיפה חלקית זו פגעה במצב הדגה בכינרת.
5. לדעת רוב אנשי המקצוע העוסקים בחקר הכינרת, אחד הגורמים העיקריים לפגיעה בדגת הכינרת הם הקורמורנים - עופות בר נודדים שניזונים ממנה. לפי הערכת אגף הדיג, הקורמורנים טורפים כ-115 טונות של אמנונים בעונה (רשות הטבע והגנים העריכה שהכמות קטנה יותר). בתחילת 2008 סברה הנהלת משרד החקלאות שיש לגרש את הקורמורנים ממקומות הלינה שלהם ומאזור הבטיחה, אך נציגי רט"ג התנגדו לכך. לאחר סיום הביקורת, בספטמבר 2010, סיכמו מנכ"ל רט"ג ומנכ"ל משרד החקלאות להוציא לפועל תכנית ארצית לגירוש הקורמורנים גם משמורות טבע ובהן הבטיחה משנת 2011.
6. בעקבות הירידה בשלל דגי אמנון הגליל, שהגיע בשנת 2008 לשפל חסר תקדים של שמונה טונות, לעומת 391 טונות בשנת 1998, נוסף על הירידה בדֵיג שאר המינים המסחריים, החליטה הממשלה ב-18.4.10 להפסיק את הדיג בכינרת לשנתיים .
החלטת הממשלה התבססה על המלצות הצוות שמינו בדצמבר 2009 מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה ומנכ"ל משרד החקלאות. הצוות התבקש להכין תכנית חירום להצלת הדיג בכינרת. משרד מבקר המדינה העלה ליקויים בעבודת המטה שעשה הצוות: במהלך עבודתו הוא לא ביקש כלל ייעוץ משפטי אף שהיה מדובר בתכנית מורכבת, המצריכה, מעצם טיבה, ליווי משפטי וכן משום שהשבתת הדיג מצריכה תיקון תקנה; לא כל חברי הצוות נפגשו עם כל הגורמים המקצועיים; לא נכתבו פרוטוקולים לדיונים ולכן לא ברור כיצד זרם המידע לחברי הצוות שלא נכחו בפגישות.
עד סוף שנת 2010 הדיג בכינרת נמשך ללא הגבלה כלשהי משום שוועדת הכלכלה לא אישרה את תיקון תקנות הדיג בשל מחלוקת על התמיכה שתינתן לדייגים ועל הקריטריונים לזכאות לה.
בדצמבר 2010 עתרו לבג"ץ ארגון דייגי הכינרת, עיריית טבריה, קיבוץ עין-גב וקיבוץ גינוסר נגד משרד החקלאות ומנכ"ל משרד ראש הממשלה וביקשו מבג"ץ לתת צו על תנאי כנגד המשיבים, "לפיו על המשיבים לבוא וליתן טעם, מדוע לא תדחה או תבוטל הודעת המשיב 1 על השבתת הדייג בכינרת..". העותרים טענו, בין היתר, שמשרד החקלאות לא התקין תקנות, לא הביא תקנות לאישור ועדת הכלכלה ולא פרסם תקנות, לכן אין לו סמכות להשבית את הדיג בכינרת בהודעה שאינה בת פועל תחיקתי. לא ניתן צו על תנאי כמבוקש. בתגובת המשיבים מ-13.1.11 נאמר, בין היתר, שמנכ"ל משרד החקלאות הנחה את האגף להנפיק רישיונות דיג זמניים לדייגים בכינרת שתוקפם מ-1.1.11 עד 28.2.11. בתום תקופה זו ובהתאם להתפתחויות שיחולו יבחנו המשיבים את המשך פעילותם בהתאם לסמכויות הנתונות להם על-פי דין.
בעת סיום עריכת דוח הביקורת, העניין תלוי ועומד בבית המשפט העליון בשבתו כבית משפט גבוה לצדק.
